Ks. Bp Ordynariusz Czesław Domin dekretem z dn. 28 sierpnia 1992 r. powołał do istnienia parafię pw. Miłosierdzia Bożego w Pile.
Kościół powstał w miejscu, gdzie wcześniej były budowane salki katechetyczne. Działo się to jeszcze, gdy nasze osiedle Jadwiżyn należało do parafii pw. św. Stanisława Kostki. Proboszczem był wówczas śp. ks. Kazimierz Helon.
Pierwszym Proboszczem nowej parafii został ks. Kazimierz Lasota. Pierwsza Msza św. została odprawiona 13 września 1992 r. w piwnicach domu katechetycznego. Wcześniej przez dwie niedziele księża naszej parafii odprawiali Msze św. w kościele św. Stanisława Kostki.
Dzięki ofiarności wielu zacnych parafian prace budowlane przy kościele posuwały się szybko. Ponieważ kościół był mały, zdecydowano się na jego rozbudowę. W roku 1994 została przygotowana dokumentacja budowlana i zaplanowano dobudowanie dwóch bocznych naw, prezbiterium, i dwóch zakrystii. Zmieniono wejście do kościoła. Wcześniej znajdowało się ono z boku świątyni, od ulicy Śniadeckich. Zbito również strop, aby uzyskać większą przestrzeń wewnątrz kościoła. W 1995 roku ks. Bp Tadeusz Werno dokonał uroczystego poświęcenia plebanii. Przez 2 lata księża mieszkali w zakupionym jeszcze przez śp. ks. Kazimierza Helona budynku przy ulicy Śniadeckich 74.
Na Boże Narodzenie w 1996 r. ustawiono ołtarz w nowo wybudowanym prezbiterium. Odsłonięcie pierwszej nawy bocznej miało miejsce w 1997 r. Lewą nawę boczną oddano do użytku w maju 1998 r. W roku 1999 zakupiono elektroniczne dzwony. Rok później, a więc w roku 2000, zakupiono nowe organy (organy poświęcił w czasie odpustu w 2000 r. Ks. Bp Ordynariusz Marian Gołębiewski).
Pod koniec 2001 r. w kościele pojawił się nowy ołtarz, ambonka i chrzcielnica. W związku z uroczystością konsekracji świątyni udało się, dzięki wysiłkom księdza proboszcza Kazimierza Lasoty i wielu parafian, wyposażyć kościół w nowy ołtarz główny z obrazem „Jezu Ufam Tobie”, który został poświęcony 18.08.2002 r. na krakowskich Błoniach przez papieża Jana Pawła II.
W ciągu minionych 10 lat nasza parafia przeżyła prymicje dwóch kapłanów pochodzących z Jadwiżyna. Najpierw święcenia kapłańskie otrzymał ks. Arkadiusz Musiał, potem swoją Mszę świętą prymicyjną przeżył ojciec dominikanin – Andrzej Kuśmierski.
28 sierpnia 2002 r. Bp Marian Gołębiewski dokonał uroczystego poświęcenia naszej świątyni, która od tego momentu została oddana na wieczną chwałę Panu Bogu.
Od 1 sierpnia 2014 roku do 31 lipca 2016 roku obowiązki proboszcza parafii pełnił ks. Dariusz Jastrząb.
Dekretem Ks. Bpa Edwarda Dajczaka 1 sierpnia 2016 roku został mianowany nowy proboszcz - ks. Krzysztof Kowal, wieloletni misjonarz z Rosji i Gruzji.
